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pos機(jī)怎么打sn
對高通量測序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對，就是將測序得到的reads定位到基因組序列上，對illumina或454得到的short reads比對的軟件主要有Bowtie BWA HISAT Tophat。
SAM格式，是序列比對文件的格式。分為頭部區(qū)和主體區(qū)，都以tab分列。
@HD VN:1.0 SO:unsorted
頭部區(qū)第一行，VN是格式版本，SO是比對的類型，有unknown,unsorted,queryname,coordinate
@SQ SN:Supercontig_6 LN:4218384
參考序列名，SN是參考序列名，LN是參考序列長度
@PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.2.5
比對所使用的軟件
1 QNAME 比對的序列名
2FLAG Bwise FLAG 表明比對類型，第二列的值回答了十一個(gè)問題，很重要，可以鑒別污染，提取數(shù)據(jù)
3RNAME 比對上的參考序列名
4 POS 比對上的最左邊的定位
5 MAPQ 比對質(zhì)量
6 CIGAR 比對結(jié)果信息：匹配堿基數(shù)，可變剪切等。5M1D75M前5個(gè)匹配，I插入，D缺失，后75個(gè)又匹配
7NRNM 相匹配的另外一條序列，比對上的參考序列名
8MPOS 1-BASED leftmost mate position
9ISIZE 插入片段長度
10 SEQ 和參考序列在同一個(gè)鏈上的比對序列（若比對結(jié)果再負(fù)義鏈上，則序列是其反向重復(fù)序列）
11QUAL 比對序列的質(zhì)量
12可選的行
FLAG值介紹：
1該read是成對的paired reads中第一個(gè)
2paired reads中每個(gè)都正確比對到參考序列
4該reads沒比對到參考序列上
8與該read成對的另一端read沒比對上
16該read和參考序列相比，是反向互補(bǔ)的
32該read成對的另一端和參考序列相比，是反向互補(bǔ)的
64在paired reads中，該read是第一條
128在paired reads中，該read是第二條
256次優(yōu)的比對結(jié)果
512沒有通過質(zhì)量控制
1024PCR重復(fù)
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